（一）股权转让协议履行完毕与否的税务处理

根据《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函[2005]130号）的规定，个人转让股权的所得税按以下两种情况处理：

一是股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。基于此规定，如果股权转让协议已经履行，履行的标志是受让人已经向转让方支付了股权转让款，并在当地工商部门办理了工商变更登记手续。则当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。

二是股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。基于以上规定，个人在进行股权转让时，必须要考虑清楚股权转让协议的履行完毕与否的税收负担问题，如果不想实质上进行股权转让，则在签订股权转让协议之后，不需要进行工商登记，不要支付股权转让款，则股权转让协议是法律上的未履行完毕，可以退回协议，可以节省股权转让中的个人所得税。

（二）自然人转让股权计税依据明显偏低的税务处理

1、转让股权计税依据明显偏低的判断标准

《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十二条 符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:

（1）申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的；

（2）申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的；

（3）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的；

（4）申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的；

（5）不具合理性的无偿让渡股权或股份；

（6）主管税务机关认定的其他情形。

2、转让股权计税依据明显偏低的三种核定方法

《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十四条 主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入:

（1）净资产核定法

股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。6个月内再次发生股权转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权转让收入。

（2）类比法

参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定；

参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。

（3）其他合理方法

主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。

[案例分析：某自然人股东转让股权的涉税分析]

（1）案情介绍

2014年10月，王女士以现金100万元创办一家企业，2015年8月，王女士与李先生签订股权转让协议，协议约定：“王女士以90万元的价格低于成本价将100%股权转让给李先生。”截止转让前，被转让企业的所有者权益为150万元，其中注册资本为100万元，未分配利润和盈余公积为50万元。请进行涉税分析？

（2）涉税分析

税务机关认为该项股权转让计税依据明显偏低且无正当理由，对股权转让的计税依据进行核定，核定依据按照所有者权益150万元计算。因此，该项股权转让的财产转让所得为：150万-100万=50万。应缴纳个人所得税50万×20%=10万元。假设本案例的转让价格为120万元，如果按照申报的转让价格120万元计算，应缴纳（120-100）×20%=4（万元）个人所得税，而税务机关认为低于对应净资产份额，核定计税依据150万元，即也应缴纳个人所得税10万元。本案例说明了两种情况，一种是申报价格低于了初始投资成本，第二种是虽然高于初始投资成本，但是低于对应的净资产份额。

 3、知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达20%以上的企业，转让股权时，净资产额须经中介机构评估核实。

[案例分析：某房地产企业自然人股东转让股权的涉税风险分析]

（1）案情介绍

王先生持有某房地产公司M公司的60%股份，2015年2月将股份转让给李先生，转让价款为6000万元。转让前M公司的所有者权益为8000万元，其中注册资本1亿元，未分配利润为-2000万元。M公司账面上有预收房款2亿元。王先生申报个人所得税的财产转让所得为6000万元-6000万元=0。理由是按照对应的M公司净资产份额为4800万元，而转让价格为6000万元，并不低于占有M公司账面净资产份额。请问该股权转让行为存在的税收风险？

（2）涉税风险分析

知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权往往蕴含着较高的隐含增值，例如本例中虽然M公司利润为负数，那是因为地产企业预收房款尚未结转会计收入的原因，一旦结转收入将会有大量的会计利润产生，从而抬高所有者权益份额。再如股权，在成本法做账情况下，尽管被投资企业已经实现了大量利润，在被投资企业分红时，此时投资企业不做任何会计处理，因此该项股权隐含着大量的增值。由于以上原因，根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十二条第(一)项的规定，公司的知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达20%以时，在转让股权时，应该对目标公司进行评估，按照净资产的公允价值份额核定计税依据。

本例中，假设经评估机构核实，M公司净资产公允价值为3亿元，因此张先生持有股权的转让价格应核定为3亿元×60%=1.8亿元，财产转让所得=1.8亿元-6000万元=1.2亿元，应缴纳个人所得税1.2亿元×20%=2400万元。

4、股权转让收入明显偏低，视为有正当理由的四种情形

《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十三条 符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：

（1）能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；

（2）继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；

（3）相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；

[案例分析：职工内部转让股权的涉税分析][1]

张先生是M股份公司（一家采矿权占资产20%以上的非上市公司）实际控制人，持有M公司80%的股权，为了对员工进行长期激励，2015年1月，张先生决定以每股10元的净资产价格分别转让给10个公司高管每人10万股股票，M公司每股股票的公允价格为20元，公司章程规定，公司高管如果离职，必须按照离职上一年的公司账面净资产价格将股票卖给公司实际控制人张先生。2016年1月1日，高管李小姐离职，按照公司章程规定，将持有的10万股股票以每股15元的净资产价格转让给张先生，转让日公司净资产公允价值为25元。

分析：《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第13条规定，相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让，可以视为有正当理由，因此上述案例不必核定股权转让收入。事实上，此时职工持有的股票，不允许向公司外部转让，因此其转让受益权是受到限制的，因此虽然M公司的采矿权价值超过账面净资产20%以上，高管之间按照账面净资产价格转让股票是符合公平交易原则的

（4）股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。

也就是如果将股权低价转让给以上列举以外的人，而且计税依据明显低于其对应的净资产份额的，就应该按照净资产份额确定计税依据；或者说将股权无偿赠送给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对捐赠人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人，不需要缴纳个人所得税；如果捐赠给以上列举以外的人，则应该按照净资产份额确定计税依据，按财产转让所得缴纳个人所得税。

例如，张先生持有M公司50%股权，M公司所有者权益为1000万元，其中注册资本500万元，未分配利润和盈余公积为500万元。张先生将股权无偿赠送给了李先生，张先生和李先生不属于《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）公告中所列举的亲属关系。税务机关可能认为：张先生对应的净资产份额为500万元，因此其计税依据明显偏低并无正当理由，按照500-500×50%=250万元确认财产所得，从而缴纳个人所得税250万×20%=100万元的个人所得税。

5、个人转让股权原值的八种确定方法

《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第十五条、十六条、十七条和十八条的规定，转让股权时，股权原值按照以下五种方法确定。

（1）以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；

（2）以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值；

（3）通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值；

(4）被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值；

[案例分析：盈余积累转增资本后股权原值的确认分析][2]

张先生持有M公司100%股权，2015年6月，张先生将M公司100%股权以3500万元的价格转让给李小姐。转让时，投资成本1000万元，被投资企业M公司的未分配利润2000万元，盈余公积500万元，资本公积-其他资本公积500万元。被投资企业M公司净资产账面价值合计为4000万元。假设税务机关认为该项转让属于计税价格明显偏低但有正当理由，对转让价格予以认可。该笔交易李小姐按照规定扣缴了个人所得税500万元（3500-1000）×20%。2015年10月，李小姐决定将2000万元的未分配利润、500万元的资本公积-其他资本公积、250万元的盈余公积共2750万元转增注册资本。转增注册资本后，M公司的注册资本为3750万元。根据《关于个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本个人所得税问题的公告》（国家税务总局2013年第23号公告）规定，李小姐对已经纳入上次股权转让所得的2500万元做免税处理，对剩余的250万元缴纳个人所得税50万元（250×20%）。2015年12月，李小姐将M公司100%股权转让给王先生，股权转让价格4000万元。根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第15条规定，由于被投资企业盈余积累2750万元转增资本，其中2500万元免税，250万元部分已经缴纳了个人所得税，本着税不重征的原则，应当确认股权原值为购买股权的价格3500万元加上250万元，即：3750万元。李小姐个人所得税应纳税所得额为250万元（4000万减去3750万），应该缴纳个人所得税50万元。

（5）除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。

（6）股权转让人已被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的，该股权受让人的股权原值以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认。

[案例分析：前次交易价格核定后再次转让的股权原值确认分析][3]

张先生持有M公司100%的股份，持股成本1000万元,2015年6月，张先生将股权平价转让给了李小姐。税务机关按照净资产核定法，核定股权转让收入为3000万元，李小姐按照税务机关核定的收入代扣代缴了个人所得税400万元（相关税费略）。2015年10月，李小姐再次转让股权，转让价格3100万元，税务机关认为价格合理。请确认再次转让股权时的股权原值。

按照《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第16条的规定，股权转让人已被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的，该股权受让人的股权原值以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认。因此，再次转让时其股权原值为3000万元，因此股权转让所得为3100万元减去3000万元。

（7） 个人转让股权未提供完整、准确的股权原值凭证，不能正确计算股权原值的，由主管税务机关核定其股权原值。

（8）对个人多次取得同一被投资企业股权的，转让部分股权时，采用“加权平均法”确定其股权原值。

[案例分析：多次投资情况下股权原值的确认分析]

张先生2012年以100万元现金投资到M公司占M公司10%的股份；2013年又以200万元现金投资到M公司取得M公司10%股份；2014年张先生以300万元现金继续对M公司增资，又取得了10%股份，至此张先生持有M公司共30%的股份。2015年张先生将持有的M公司10%股份进行了转让，转让价格为400万元。请分析2015年张先生将持有的M公司10%股份进行了转让的个人所得税。

分析：根据《股权转让所得个人所得税管理办法》（国家税务总局公告2014年第67号）第18条规定，应按加权平均法确认张先生转让的M公司10%股权原值。

股权原值=[（100 +200 +300）]÷30%×10%=200（万元）

应纳税所得额=400-200=200（万元）

个人所得税应纳税额=200×20%=40（万元）

 

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[1]案例来自张伟：《股权转让个人所得税管理办法学习体会》

[2]案例来自张伟：《股权转让个人所得税管理办法学习体会》。

[3]案例来自张伟：《股权转让个人所得税管理办法学习体会》，